- Rääbise
- Raadama
- Raasiku
- Rabivere
- Rae Parish
- Rahinge
- Rahumäe
- Raigaste
- Raigla
- Raikküla Parish
- Raiste
- Raja
- Rakke
- Rakvere
- Rammu
- Ramsi
- Rämsi
- Randvere
- Rangu
- Räni
- Rannametsa
- Rannamõisa
- Rannu
- Rannu
- Räpina
- Rapla
- Rasina
- Ravila
- Rebase
- Reegoldi
- Reiu
- Reola
- Reopalu
- Restu
- Retla
- Ridaküla
- Ridalepa
- Riidaja
- Riisipere
- Rimmi
- Risti
- Ristipalo
- Röa
- Roela
- Rõhu
- Rohuneeme
- Roiu
- Rõngu
- Roobuka
- Roodevälja
- Roosna
- Roosna-Alliku
- Rootsiküla
- Rosma
- Rõude
- Rõuge
- Ruhnu
- Ruila
- Rummu
- Ruusa
- Ruusmäe
